掌门修习的武功体系以传统武侠经典为基础，融合了策略搭配与养成深度。游戏内武功分为攻击型、防御型、控制型和回复型四大类别，每类武功通过不同的触发机制影响战斗节奏。例如嫁衣神功明玉功等攻击型武功侧重爆发输出，金钟罩怜花宝鉴等防御型武功则强化生存能力，而乾坤大挪移太玄经等特殊武功兼具控制与反击效果。这些武功可通过主线剧情、江湖历练或特殊活动获取，需根据弟子特性与阵容需求选择性修习。
武功的修习并非孤立存在，需与心法系统协同作用。心法分为攻击、防御、控制、回复四类，共21种，如罗汉伏魔提升攻击力，两仪护心增强防御效果。修习心法需满足弟子修炼总重数、装备淬炼等级等条件，高阶心法还需通过特定玩法积累资源解锁。单纯堆砌高阶武功与心法未必能发挥最大战力，需结合弟子定位调整，例如流血输出型弟子更适合搭配加速真气恢复的凭虚御风心法，而非单纯增加攻击数值的普通心法。
弟子升阶体系进一步拓展了武功的深度。橙色弟子通过锻骨决修炼可升阶为红色品质，解锁技能增伤等特效，部分核心弟子如李寻欢、西门吹雪还会获得真气技与合璧技变化。易筋经则面向已升红弟子，分五卷提升属性并叠加心得效果。与此配套的还有武功升红玩法，通过精修将秘籍品质提升至红色，使弟子获得更显著的战斗增益。这种层层递进的养成逻辑，要求玩家在资源分配上有所侧重。
实战中武功的运用需结合阵法与站位策略。紧凑阵型适合近战肉盾为主的阵容，分散阵型则利于远程输出。部分武功如天外飞仙小李飞刀具有特殊的攻击范围与特效，需通过调整弟子站位触发最大效果。社交玩法如联盟劫镖、华山论剑等场景中，还需预判对手阵容特点，针对性调整武功组合。这种多维度的策略空间，使得武功修习成为贯穿游戏始终的核心体验。
大掌门2的武功系统通过品质分级、心法联动、升阶突破三维构建了立体化养成体系。玩家需在理解武功机制的基础上，结合弟子特性、阵容搭配和战斗场景动态调整，才能逐步掌握江湖制胜之道。游戏对传统武侠招式的还原与创新，也为策略体验注入了鲜明的武侠文化底蕴。
