赛尔号超级英雄的宝石系统是提升精灵战力的核心玩法之一，共有六枚宝石，每枚宝石的加成效果可由玩家自定义。宝石系统窗口右上角的六边形图案对应精灵的出场位置，玩家需根据位置上的精灵特性进行洗练。优先保留高级属性如技能伤害加成、技能伤害暴击、技能伤害击晕、技能伤害吸血、抗晕、韧性、生命和特攻等，这些属性能显著提升战斗效率。通用完美状态包括攻击、防御、特攻、特防、速度和命中，每种状态有15%概率激活，激活后可使对应属性等级提升1级。
抗性宝石分为红宝石和绿宝石，分别用于强化精灵的伤害抗性和异常抗性。使用200个绿宝石可使精灵的异常控制状态几乎无效。威力宝石适合新人玩家，提供稳定收益；麻痹宝石触发概率较高且控制回合长；疲惫宝石触发概率高但控制回合较短；致命一击宝石仅在特定场景适用。二代刻印宝石系统新增了宝石位置更换功能，玩家可通过超级签到活动获取资源，同时开放超进化精灵及其专属刻印。
宝石洗炼是优化属性的关键步骤，需消耗洗练石等资源。洗炼前需明确精灵定位，例如磁王作为电磁属性精灵，应优先洗练增强电磁技能伤害的宝石，同时兼顾防御和生命值属性以提升生存能力。洗炼过程具有随机性，建议集中资源提升关键宝石属性，而非平均分配。多宝石轮流洗练法可避免资源浪费，属性专注法则能快速提升某一项核心能力。
精灵宝石搭配需结合阵容需求，推荐2伤害加成+2技能系数伤害+2攻击加成的组合。防御型刻印以生命、特防、普防为主属性，配合韧性、闪避、抗晕及伤害减免为副属性。阵容方面，击晕流依赖妖王的高击晕属性封锁敌方行动，强攻流则需白虎等暴击辅助精灵提供爆发输出。合理搭配宝石与刻印，能最大限度发挥精灵潜力，适应不同战斗场景。
