时空秘境是保卫萝卜3中一个极具挑战性的玩法模式，解锁该模式需要玩家完成主线关卡并达到等级要求。玩家需通关第20关后，在游戏主界面右下角找到时空隧道图标，点击进入选择界面。系统会提供5个道具供选择，但只能携带其中3个进行挑战，成功通过后才能正式开启时空秘境玩法。解锁后，玩家可以通过不断挑战关卡获取奖励并解锁新章节。
时空秘境的关卡设计往往包含特殊机制，例如第8关需要保护名为圈圈的角色安全穿越地图。这类关卡对炮塔布局和英雄选择有较高要求，建议优先选择攻速快的英雄搭配支援型英雄，例如幸运兔和狂暴战士的组合。狂暴战士应放置在路径中央区域，利用其高生命值和输出能力作为核心防御点。同时需注意地图上的爆炸性气球和地形变化，避免敌人偷袭。
资源管理和炮塔升级是通关时空秘境的关键策略。优先升级攻击范围广或伤害高的炮塔，如火箭炮和多重箭，同时根据关卡特点选择针对性炮塔，如冰冻星用于减速、毒气瓶用于持续伤害。金币有限时应集中升级关键炮塔，避免资源分散。合理利用地图角落形成交叉火力网，确保没有防御盲区。适时释放减速、冰冻等技能可有效延缓敌人行进速度。
对于高难度关卡如第12关，需要采用分阶段策略。开局应同步激活金币机和大型道具，在道路附近建造风扇和雪球塔，随后清理中间道具并补充回旋镖。中期需重点防范传送怪，在角落布置鱼骨头炮塔进行单体输出。后期在左右区域分别补群伤和单体输出炮塔，最终用全屏攻击的风扇塔完成收尾。这种分层防御体系能有效应对不同类型的敌人。
失败后可通过观察敌人行动模式调整策略，游戏内的双倍经验活动能加速资源积累。日常任务和限时挑战活动提供额外奖励，应优先完成。若遇到瓶颈，可返回低难度关卡熟悉机制并积累经验值，逐步提升角色等级和炮塔强度，为后续挑战奠定基础。
